明廷遂召孙传庭、洪承畴主持京师防守，升孙传庭为兵部右待郎兼右佥都御史，指挥各路援军。
孙传庭抵达京郊后，由于他和主和派的杨嗣昌及中官高起潜矛盾颇深，崇祯帝降旨不准他入京朝见，而洪承畴则在京郊受到慰劳，并奉旨进殿拜见崇祯帝，孙传庭对此不平待遇自然大为不满。
杨嗣昌任洪承畴为蓟辽总督，并主张将陕西军全部留下，用于守卫蓟辽。孙传庭对此极力反对，认为“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”杨嗣昌对孙传庭的意见置之不理，孙传庭对此不胜忧郁重重，以致耳聋。
崇祯十二年，朝廷调孙传庭总督保定、山东、河南军务，孙传庭立即上疏请见皇帝，但因杨嗣昌的百般阻挠而未成。孙传庭心中愠怒，引病告休。但杨嗣昌仍不放过，言孙传庭称病乃推托之举。崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民后，又将其禁囚，以待判决。
也就是说，小肚鸡肠的杨嗣昌和孙传庭不和，故意陷害与他。而此时杨嗣昌风头日盛，他提出的“四正六隅、十面张网”之策镇压农民军，开始确实收到了一定的成果，是以正受崇祯信任。
而此时释放孙传庭，让他领兵清剿流寇，崇祯皇帝是不怎么愿意的。
朱兴明叹了口气：“父皇，孙传庭能征善战，是个不可多得的人才。只是性子难免孤傲些罢了，儿臣以为若要剿灭李自成，非此人莫属。不如，父皇您随儿臣去天牢看看此人，再决定起不起用此人如何？”
崇祯有些犹豫，可当下朝中还真没有更合适的其他人选，他想了想：“好，朕与你一道前去，不过朕不想见他，有什么话，你自问他便是。”
大明末期其实不乏战神，能打的将领也很多。只是体制的腐败，造成战神也无可奈何罢了。