【清军占领北京之后，多尔衮严禁抢掠，暂停剃发，并为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。
顺治元年，明崇祯十七年，公元1644年，六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。
清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。
清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”。
八月二十日，清朝开始迁都。九月，顺治帝从盛京到达北京，封多尔衮为叔父摄政王，赐穿貂蟒朝衣。
命礼部为多尔衮建碑纪绩，加赐多尔衮册宝、上饰十三颗东珠的黑狐冠一顶、黑狐裘一袭，金银、马驼等。
十月初一，顺治帝在皇极门向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达二百六十多年的统治。
当顺治帝于皇极门重行即位大典加封多尔衮为叔父摄政王的同时，即令为多尔衮建碑纪功，“永垂功名于万世”。从此，在待遇上，多尔衮开始凌驾于诸王之上。
李自成退入山陕之后，原明朝降官降将纷纷反水，但他在顺治元年六月仍积极准备反攻。
另一支农民军在张献忠率领下已建大西国于成都，统一了全川，而多尔衮对此尚不了解。
残明势力已于五月中拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光，尚拥有中国南部的半壁富庶江山，兵多粮足，构成清朝统一中国的障碍。
在这种情况下，多尔衮的战略是：对农民军的主要力量坚决消灭，而对南明政权则是“先礼后兵”。
在此方针领导下，多尔衮先后派叶臣、石廷柱、巴哈纳、马国柱、吴惟华等进攻山西，十月攻陷太原，进而包围陕西。
同时，多尔衮派出大量降清的明官对南明君臣招抚，并写信给南明阁臣史可法，提出“削号归藩，永绥福禄”。
在南明派出左懋第使团来北京谈判过程中，他将其软禁起来，并不给予明确的答复。此时，清军已于九月占领山东，十月进据苏北，与史可法的军队沿河相峙。