驱赶掳掠平民，杀人充作食物。这些营寨被称为“舂磨寨”，成为了百姓心中的噩梦。
朱温深知，要想彻底平定这股叛乱势力，就必须先拔掉这些“舂磨寨”。于是，他分兵多路进行攻击，大大小小共打了四十仗。每一仗都打得惊心动魄，每一仗都展现出了他卓越的军事才能和英勇的战斗精神。四月丁巳日，他收复了西华寨，贼将黄邺单人匹马逃往陈州。这一胜利使得朱温的士气更加高涨，他乘胜追击，击鼓呐喊前进。
恰逢黄巢逃走，朱温趁机进入陈州。刺史赵犨在马前迎接他，感激涕零。然而，朱温并未因此而懈怠。他深知，虽然黄巢已逃，但他的党羽还在陈州北面的故阳垒。于是，他直接返回大梁，准备下一步的征战计划。
这时，河东节度使李克用奉僖宗诏令，率领数千骑兵共同谋划破贼。他与朱温在中牟北面合力邀击贼寇，使得贼众在王满渡大败。多数贼寇束手就擒，而贼将霍存、葛从周、张归厚、张归霸等人都匍匐在马前投降。朱温宽恕并接纳了他们，展现出了他宽广的胸怀和包容的心态。随后，他驱逐残余的贼寇，一直追到冤句才罢休。
五月甲戌日，朱温与晋军整军返回汴州。在上源驿为李克用安排住宿时，他准备了犒劳宴会的礼仪。然而，李克用却乘酒兴任性行事，使得朱温对此感到不满。当夜，他命令甲士围攻李克用。恰逢大雨雷电交加，李克用在电光中得以越过墙垣逃走。虽然只杀死了他部下的数百人，但这一事件却使得朱温与李克用之间的关系变得微妙起来。
六月，陈州人为感谢朱温解围的恩惠，在陈州为他建立了生祠堂。这一举动使得朱温在百姓心中的声望更加高涨。这一年虽然黄巢已死，但蔡州的秦宗权又成为大的祸患。他拥有数万军队攻陷邻近的郡县，杀戮抢掠官吏百姓。其屠害的残酷程度甚至超过了黄巢，这使得朱温对此深感担忧。
七月，朱温与陈州人一起在溵水攻打蔡州的贼寇。他们杀死了数千人，展现出了强大的战斗力。九月己未日，僖宗加封朱温为检校司徒、同平章事，并封为沛郡侯，食邑千户。这一封赏使得朱温的地位更加显赫，也为他未来的霸业提供了更大的支持。