“宇宙生态保护倡议”推行的过程中，也并非一帆风顺。
一些较为落后的文明，由于技术水平有限，难以在短时间内达到新规范的要求。例如，在一个名为泽尔的小星球文明中，他们的能源采集技术还停留在初级阶段，无法快速切换到新的恒星能量采集技术，这导致他们在宇宙能源合理利用的进程中落后于其他文明。并且，因为资源回收和再利用项目需要大量的技术投入和设备更新，泽尔文明面临着巨大的经济压力。
同时，也存在部分文明为了自身的短期利益而违反宇宙资源开采规范。一个被称为莫伽的商业文明，他们看到了某些珍稀宇宙物质在黑市上的高额利润，不顾开采可能对环境造成的严重破坏，偷偷进行过度开采。这种行为很快被星际联盟的监察者发现，莫伽文明因此受到了严厉的制裁，包括限制其星际贸易、暂停其参与宇宙融合相关项目等惩罚措施。
为了解决这些问题，星际联盟决定开展帮扶计划。先进的文明被组织起来，与落后文明结成对子，提供技术支持和经济援助。例如，伊莱文明派出了自己的能源专家团队前往泽尔文明，帮助他们改进能源采集技术，并协助建立资源回收体系。而对于像莫伽文明这样违反规定的情况，除了惩罚措施之外，还专门设立了监督小组，长期驻留在其星球附近进行监管，同时对其民众进行宇宙生态保护重要性的教育，引导他们从思想上重视起来。
在宇宙生物多样性保护联盟的努力下，宇宙生物基因库的规模不断扩大。他们在一个偏远的星系发现了一种能够在极端辐射环境下生存的微生物，这种微生物的基因样本被采集后存入基因库，经过研究，科学家们发现其基因蕴含着能够提升生物抗辐射能力的特殊序列。这一发现不仅为生物科学研究带来了新的突破，也让各个文明更加意识到保护宇宙生物多样性的潜在价值。
随着空间环境修复技术的进一步发展，科学家们开始探索如何将清理出来的污染物转化为有用的资源。一个由多个文明的科学家组成的研究小组成功地将星际尘埃聚合成一种新型的建筑材料，这种材料具有高强度和良好的隔热性能。这一成果不仅解决了空间污染物的处理问题，还为各个文明的基础设施建设提供了新的材料选择。
在宇宙生态系统的科