在成功关闭所有已知空间裂缝、挫败黑暗势力入侵其他宇宙的阴谋后，宇宙联盟与神秘文明迎来了一段短暂的平静期。宇宙中各星系之间的贸易往来逐渐恢复繁荣，不同文明间的交流合作也愈发频繁。杰克队长在这段时间里，致力于整合联盟内部的力量，进一步强化舰队的训练与装备升级，同时也积极与新加入联盟的文明沟通协调，确保整个联盟体系的稳定运转。
然而，平静之下，一丝不寻常的迹象悄然浮现。在联盟边缘的一个资源丰富的星系，一些小型采矿船频繁失踪。起初，这并未引起太多关注，毕竟宇宙浩瀚，意外时有发生。但随着失踪事件愈发频繁，且所有失踪船只都在同一区域失去联络，这一情况引起了联盟情报部门的警觉。
情报官向杰克汇报：“队长，过去一个月内，已有七艘采矿船在泽尔星系失踪，所有船只最后发出的信号都很模糊，似乎受到了某种强大干扰。”杰克皱起眉头，“泽尔星系？那里一直是我们重点监控的资源区，立刻派遣侦察舰前往调查，务必谨慎行事。”
侦察舰抵达泽尔星系后，小心翼翼地在各个星球与小行星带间穿梭。很快，他们发现了一些奇怪的能量波动痕迹，这些波动与之前遭遇的黑暗势力能量截然不同，更为隐晦且复杂。正当侦察舰准备进一步靠近探测时，突然从一颗巨大的气态行星背后射出几道能量束，精准地击中了侦察舰的引擎部位。
“报告队长，我们遭到攻击！敌人的武器似乎能精准锁定我们的动力系统，而且能量束的频率很奇特，我们的护盾对其抵御效果不佳。”侦察舰舰长焦急地汇报。杰克脸色一沉，“立刻撤离，不要恋战！”
虽然侦察舰勉强逃脱，但受损严重。技术人员对敌人的攻击能量进行分析后，得出了令人震惊的结论：“这种能量是由多种不同能量源混合而成，经过特殊调制，具有很强的针对性和穿透性，目前我们的技术很难对其进行有效防御。”
与此同时，神秘文明那边也传来了坏消息。他们在对宇宙深处进行常规监测时，发现了一组高速移动的不明物体，这些物体的航行轨迹似乎是朝着宇宙联盟的方向。经过追踪和分析，初步判断这是一支由未知文明操控的舰队，规模庞大，且装备精良。
神秘文明指挥官紧