在明朝时期，锦衣卫作为皇帝的亲卫部队，除了负责宫廷的警卫工作外，还承担着秘密任务和情报收集的职责。锦衣卫中有四位特别的暗使，他们身怀绝技，深得皇帝的信任。这四位暗使分别是：擅长追踪的“影子”、精通毒术的“毒手”、剑法高超的“剑魂”以及智谋过人的“谋士”。
张居正，作为当时朝廷中的一位杰出政治家，他不仅在朝政上有着深远的影响，而且在民间也享有极高的声誉。由于南方地区连年水患，百姓生活困苦，皇帝决定派遣张居正前往南方整治水患，以稳定民心，恢复生产。
在张居正的南下途中，锦衣卫的四大暗使也秘密跟随，他们肩负着保护张居正安全和协助他完成任务的双重使命。一行人抵达南方后，发现水患的原因之一是由于一条作恶多端的蛟龙在江河中兴风作浪，使得堤坝溃决，农田被淹。
为了彻底解决水患问题，张居正与四大暗使商议对策。他们决定采取一系列措施，包括加固堤坝、疏浚河道，以及直接对抗蛟龙。在“影子”的协助下，他们找到了蛟龙的藏身之处；“毒手”则准备了专门对付蛟龙的毒药；“剑魂”则负责在关键时刻与蛟龙正面交锋；而“谋士”则负责制定详细的作战计划。
经过一番精心准备，他们终于在一个月黑风高的夜晚，对蛟龙展开了围剿。战斗异常激烈，蛟龙在江中掀起滔天巨浪，试图将追捕者吞没。然而，在张居正的指挥下，四大暗使各司其职，最终合力将蛟龙制服。他们利用“毒手”准备的毒药，成功地使蛟龙失去了力量，然后“剑魂”趁机斩断了蛟龙的要害，使其毙命。
随着蛟龙的死亡，南方的水患得到了根本性的解决。百姓们欢呼雀跃，纷纷感谢张居正和锦衣卫四大暗使的英勇行为。张居正的南下整治水患，不仅恢复了南方的安宁，也进一步巩固了他在朝中的地位。而锦衣卫四大暗使的传奇故事，也成为了后人传颂的佳话。
然而，随着蛟龙的消逝，一个新的问题悄然浮现。南方的水系虽然平静了，但长期的水患导致了土地的盐碱化，影响了农作物的生长。张居正意识到，要想真正恢复南方的繁荣，必须解决土地问题。于是，他开始着手规划一系列的水利和土地改良工程，旨在改善土壤质量，提高农业产量。