文明进行秘密接触。艾莉丝和暗影主宰得知这一消息后，立刻派出了侦察部队进行调查。
侦察部队经过一番艰苦的追踪和调查，终于发现了这些神秘组织的一些线索。原来，这些组织是由一些对联盟和古老文明都心怀不满的势力组成的。他们企图利用联盟和古老文明之间的战争，从中谋取私利。他们甚至计划在联盟和古老文明两败俱伤的时候，趁机崛起，掌控整个宇宙。
艾莉丝和暗影主宰意识到，这些神秘组织虽然目前的实力还比较弱小，但他们的存在无疑是一个潜在的威胁。如果不及时加以解决，很可能会在未来的关键时刻给联盟带来巨大的麻烦。于是，他们决定采取行动，将这些神秘组织一网打尽。
经过周密的策划，联盟的特种部队在一个偏远的星球上找到了这些神秘组织的总部。一场激烈的战斗就此展开。神秘组织的成员虽然人数不多，但他们装备精良，并且拥有一些特殊的武器和技能。在战斗中，联盟特种部队遇到了不小的阻力。
然而，联盟特种部队凭借着高超的战斗技巧和顽强的战斗意志，逐渐占据了上风。经过一番激烈的交火，他们终于成功地摧毁了神秘组织的总部，消灭了大部分敌人。但仍有一小部分敌人逃脱了，艾莉丝和暗影主宰知道，这些漏网之鱼很可能会卷土重来，他们必须保持警惕。
解决了神秘组织的威胁后，联盟的发展进入了一个新的阶段。研发小组在暗能量转换技术的研究上取得了重大突破，他们成功地制造出了第一台暗能量动力引擎，并将其安装在了一艘新型战舰上进行测试。测试结果令人满意，新型战舰在使用暗能量动力引擎后，速度和续航能力都得到了极大的提升。
与此同时，灵能文明的精英与联盟舰队的融合也取得了良好的效果。在联合训练中，他们成功地运用灵能干扰了模拟敌人的战舰控制系统，为联盟舰队的进攻创造了有利条件。这一成果让艾莉丝和暗影主宰看到了未来战争的新希望。
随着联盟实力的不断提升，艾莉丝和暗影主宰开始计划主动出击，寻找古老文明的核心据点，彻底摧毁他们的战争机器。在经过一系列的侦察和分析后，他们终于锁定了一个可能是古老文明核心据点的星系。
这个星系被一层强大的能量护盾所