在“农商共进”论坛落幕后，唐云以为能为新朝迎来一段相对平稳的发展期，可命运似乎总爱给他出难题。随着商业资本大规模涌入农业领域，一些新问题接踵而至。部分商贾为追求高额利润，大量圈占农田，改种经济作物，导致粮食产量短期内下滑。百姓们开始担忧粮食供应不足，粮价也随之波动上涨，市井之间怨言渐起。
门阀世家抓住这个机会，再次向唐云施压。他们在朝堂上慷慨陈词，指责商业阶层唯利是图，破坏国家根基，要求唐云限制商业资本在农业的扩张，甚至提议恢复旧制，打压商业发展。而商业阶层代表则据理力争，称他们引入的先进种植技术和管理模式，长远来看将大幅提升农业效益，当前的粮食问题只是暂时的，是因为转型期的磨合不畅。
唐云陷入两难。他明白门阀世家的诉求有其保守的一面，但商业阶层的说法也并非全无道理。为了摸清真实情况，他再次微服出巡，深入乡村。在田间地头，他与农户们促膝长谈，了解到虽然商业资本带来了新的农具和灌溉设备，但由于缺乏统一规划，很多农田被盲目改造，原本适合种粮的土地改种了对气候、土壤要求苛刻的经济作物，一旦遭遇天灾，便颗粒无收。
回到京城后，唐云迅速召集相关部门，制定了一系列政策。一方面，他设立了“农田规划司”，专门负责统筹农田使用，规定基本农田不得随意变更用途，确保粮食种植面积稳定；另一方面，鼓励商业资本与农户合作，发展订单农业，在保障粮食供应的前提下，适度发展经济作物，实现双赢。这一举措有效稳定了粮食市场，缓解了农商之间新的矛盾冲突。
然而，外部压力并未就此放过新朝。西方帝国见外交孤立、经济封锁和挑唆盟友进犯都未能得逞，竟使出了更阴狠的手段。他们暗中支持国内一股神秘的邪教势力，这股势力打着“替天行道”的幌子，蛊惑人心，在各地煽动百姓反对朝廷，制造混乱。邪教组织宣扬世界末日，蛊惑民众捐出钱财和土地，还教唆信徒破坏公共设施，袭击官府。一时间，多地治安陷入混乱，百姓人心惶惶。
唐云得知此事后，怒不可遏。他立即命令清风司联合各地官府，全力围剿邪教势力。清风司官员深入调查，发现邪教组织的高层与西方帝国的间谍有着千丝万缕的联