主要势力被消灭，但仍有一些残余叛军逃窜到深山老林之中，继续负隅顽抗。这些残余叛军熟悉地形，时常出来骚扰百姓，对南方地区的稳定构成威胁。因此，清剿残余叛军成为秦军接下来的重要任务。
蒙毅将秦军分成多个清剿小队，深入山林搜捕残余叛军。这些清剿小队由经验丰富的将领带领，他们熟悉山地作战，且配备了精良的武器装备。然而，残余叛军非常狡猾，他们隐藏在山林的深处，利用复杂的地形与秦军周旋。
有一次，一支清剿小队在山林中搜索时，突然遭到残余叛军的伏击。叛军从四周的树林中冲出来，向秦军发动攻击。秦军小队迅速组织反击，他们背靠背组成防御阵型，利用弓弩和长刀抵抗叛军的进攻。战斗异常激烈，秦军小队虽然人数处于劣势，但凭借着顽强的战斗意志和出色的战斗技巧，与叛军展开殊死搏斗。
在战斗中，秦军将领冷静指挥，他观察到叛军的攻击主要集中在正面，于是派一小队士兵绕到叛军后方，发动突袭。叛军没想到秦军会有这一招，顿时阵脚大乱。秦军前后夹击，成功击退了叛军的伏击，并乘胜追击，消灭了这股残余叛军。
类似这样的战斗在山林中不断上演。秦军清剿小队不畏艰辛，翻山越岭，不放过任何一个可能藏匿叛军的地方。经过长时间的艰苦清剿行动，大部分残余叛军被消灭或俘虏，南方地区的局势逐渐稳定下来，百姓们终于迎来了久违的和平。
南方叛乱平定后，摆在大秦面前的首要任务是对南方地区进行安抚与重建。蒙毅深知，经历了长期的战乱，南方百姓生活困苦，百废待兴，只有让百姓安居乐业，才能真正实现南方的长治久安。
首先，秦军打开粮仓，向受灾的百姓发放粮食和物资。士兵们挨家挨户地将粮食送到百姓手中，帮助他们解决温饱问题。同时，朝廷还派遣了大量的医生和医学生，深入各个村庄，为受伤的百姓和士兵提供免费的医疗救治。医生们不辞辛劳，日夜奔波，尽全力挽救每一个生命。
在经济重建方面，朝廷鼓励百姓恢复农业生产。发放种子和农具给农民，帮助他们开垦荒地，重新耕种。对于因战乱而荒废的农田，减免一定期限的赋税，减轻农民的负担。同时，扶持商业发展，在各地设立集市，为商人提供经营