贝拉凭借着对古老知识的了解，找到了雷区的安全通道；阿强利用量子风暴中采集的生物样本，制造出能量干扰弹，突破了包围圈；亚历克斯则巧妙地借助荒芜之地的引力异常，设下陷阱，反制了偷袭者。
终于，三支队伍赶回总部，与留守舰队会合。此时的总部已是伤痕累累，护盾岌岌可危。亚历克斯看着战火纷飞的战场，眼神中透露出坚毅：“全体听令，集中火力攻击暗影势力的中军，打乱他们的指挥！”联盟舰队重振旗鼓，向着暗影势力核心冲去。
在激烈交火中，亚历克斯发现暗影势力的新型战舰之间存在一种能量链接，只要破坏一艘主舰的能量中枢，就能引发连锁反应，瘫痪周边战舰。他亲自驾驶旗舰，如同一颗燃烧的流星，直插暗影中军，在枪林弹雨中精准打击，成功摧毁主舰。果然，周边暗影战舰纷纷失去动力，陷入混乱。
联盟舰队乘胜追击，将暗影势力彻底击退。这场大战过后，联盟虽守住了阵地，但也损失惨重。亚历克斯深知，不能再被动防守，必须主动出击，斩断暗影势力的根基。于是，他召集所有队员，开始策划一场史无前例的反击战。
他们根据之前收集的情报，锁定了暗影势力的几个重要据点。这些据点分布在不同星系，有的隐藏在星云深处，有的依托于黑洞的引力庇护，防御森严。亚历克斯将舰队分成多路突击队，同时对这些据点发起攻击，打他们一个措手不及。
第一突击队在贝拉带领下，冲向星云据点。星云内尘埃浓密，可视度极低，还充斥着各种电磁干扰，对导航系统是极大考验。但贝拉凭借着之前破解古老文明遗迹的经验，利用特殊频率的信号波，成功穿透尘埃，找到了暗影据点的入口。队员们奋勇冲进去，却遭遇了暗影士兵的顽强抵抗。这些士兵借助星云环境，发动隐身突袭，让人防不胜防。贝拉临危不乱，启动热成像扫描系统，识破隐身，带领队员逐步推进。
阿强率领的第二突击队奔赴黑洞据点。靠近黑洞的过程中，引力潮汐不断拉扯着飞船，稍有不慎就会被黑洞无情吞噬。阿强巧妙利用黑洞周围的吸积盘物质，作为掩护，悄然接近据点。当他们发起攻击时，暗影势力启动了一种引力护盾，能将攻击能量反向扭曲。阿强灵机一动，调整武器发射角度，利用黑洞的引