孙恩一看形势不妙，带着两千多男女逃回了海岛。
朝廷一看谢琰挺能打，就让他当会稽太守。可这家伙，当了太守就不管武备了。孙恩一看机会又来了，又攻打会稽，谢琰被打败，死了。孙恩又转攻临海，朝廷那是大惊失色，派兵去打，结果没打赢。这时候，刘裕出场了，他当上了下邳太守，去郁州打孙恩，打了个大败仗。孙恩又攻临海，被太守景辛给打败了。孙恩带着抢来的三吴男女逃跑，结果死的差不多了，他自己也跳海自杀了。他的小弟们也跟着跳海，被称为水仙。剩下几千人，推举孙恩的妹夫卢循当头儿。
卢循这家伙，长得帅气，还有才艺，但心里头不安分。桓玄想安抚东边，就让卢循当永嘉太守。卢循虽然答应了，但抢劫杀人的事儿没少干。桓玄让他哥哥桓伟当江州刺史，镇守夏口，还派了司马刁畅去襄阳，让皇甫敷、冯该守隘口，训练士兵，等着朝廷出乱子。他还老派人给朝廷送祥瑞，给会稽王道子写信，说王恭的事儿，元显吓得不行。
张法顺给元显出主意，说桓玄刚得荆州，人心不稳，让刘牢之当前锋，大军跟上，就能打败桓玄。元显觉得有理。这时候，武昌太守庾楷来找元显，说愿意当内应。元显大喜，派张法顺去京口找刘牢之，刘牢之觉得难办。张法顺回来跟元显说，刘牢之可能要反，不如杀了他。元显不听，大治水军，让刘牢之当前锋，谯王尚之当后部，去讨伐桓玄。
桓玄一听，大惊失色，也起兵反了。桓玄的兵到了姑熟，刘牢之又反了桓玄，元显的军队溃散。桓玄进了建康，自己当了太尉，掌握了大权，杀了元显、谯王尚之等人，还让刘牢之当会稽内史。刘牢之一看，这是夺我的兵权啊，灾祸要来了。他召集手下商量，想占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不可行的事就是反叛。将军你反过王恭，反过司马元显，现在又反桓玄，一人三反，怎么立足？”说完就走了，手下也都跑了。刘牢之害怕，带着手下往北跑，到了新州，上吊自杀了。道子他们也都死了。
桓玄刚上台那会儿，那是要风得风，要雨得雨，他踢掉了那些奸臣，提拔了不少贤能之士，京城的百姓们都乐开了花，以为这下子能过上几天安稳日子了。可没过多久，桓玄就原形毕露，奢华无度，政令朝令夕改，拉帮结派，把朝廷那是欺