昌和李克用就跑到鞑靼去了。他们还说：“我们得罪了天子，想效忠都没机会。现在听说黄巢北上了，肯定是中原的祸害。万一哪天天子赦免了我们的罪，让我们跟大伙一起立功，那多痛快啊！”监军陈景思就替他们向朝廷求情，朝廷也就答应了。
宰相王铎一看黄巢势力那么大，而高骈又被那些方士给耍了，无心讨贼，就自告奋勇地要求出征。他联合各路兵马逼近长安。官军从四面八方赶来，黄巢的势力就一天天地萎缩了，连下命令都没人听了，只能龟缩在同州和华州之间。
朱温一看黄巢的势头越来越弱，知道他的末日快到了，就带着华州投降了。朝廷就任命他为招讨副使，还赐了个名儿叫全忠。这时候黄巢的兵力还挺强，王铎在河中挺担心的，就偷偷地召李克用来帮忙。李克用就带着一万七千沙陀兵和四万雁门兵赶到河中，这些兵都穿着黑衣服，敌人一看就吓坏了：“鸦军来了！”李克用在渭南跟黄巢打了三仗，都赢了，其他军队也跟着一拥而上。
巢一看大势已去，就烧了宫室，脚底抹油——溜了。李克用这时候才二十八岁，是诸将中最年轻的，但他打败黄巢，收复长安，功劳最大，兵力也最强，其他将领都怕他。李克用有一只眼睛稍微有点小问题，当时的人们都叫他“独眼龙”。朝廷就任命李克用为河东节度使。
那时候黄巢还没被彻底平定，朝廷又加封朱全忠为东北都招讨使。黄巢虽然跑了，但兵力还挺强，周岌、时溥、朱全忠都向李克用求救。李克用带着五万番汉兵去救他们。黄巢围攻陈州快三百天了，赵家兄弟跟黄巢打了大大小小几百战，虽然兵力和粮食都快耗尽了，但士气却越来越旺。李克用在陈州会合了许州、汴州、徐州、兖州的军队，攻打黄巢的大将尚让，一下子就攻下来了。黄巢一听这个消息，吓得赶紧解围逃跑。
黄巢跑到汴州，李克用等人又在中牟追上了他，一顿猛打，把黄巢打得落花流水，尚让都带着人投降了。黄巢又带着残兵败将跑到兖州。李克用到汴州后，朱全忠非要请他进城，安排在上源驿，还摆了酒席招待他，特别恭敬。李克用这人爱喝酒，一喝就上头，说话也冲，把朱全忠给惹毛了。酒席结束后，随从们都喝醉了。有个叫杨彦洪的武将和朱全忠悄悄商量，用车堵住路，发兵围攻驿站。