他从云南跑出来，跟寺里的和尚说：“我就是建文皇帝。”那和尚一听，吓得魂飞魄散，赶紧报告了思恩州的州官。州官一听，那还了得，赶紧把建文帝接到了藩司堂，建文帝往那儿一坐，说出了自己的真名实姓。然后，就把他送到了京城。
朝廷一看，这可是大事儿，赶紧派了当时的太监吴亮去辨认。吴亮一到，建文帝就认出了他：“你不是吴亮吗？”吴亮说：“不是啊。”建文帝说：“我当年在便殿吃子鹅，赐给你肉，你手里拿着壶，我把肉扔地上，你趴在地上，像狗一样舔，这你都忘了？”吴亮一听，吓得趴在地上哭。建文帝一看他左脚上的黑痣，又拉起他的脚哭，吴亮吓得都不敢抬头，回去就自杀了。
然后，建文帝就被接到了西内，宫里的人都叫他老佛。程济一听建文帝回来了，那就赶紧散了。您知道吗，建文帝逃跑的时候才二十六岁，回来的时候已经六十四岁了，后来也是寿终正寝，葬在了西山。
当然，针对以上建文帝一把火烧了宫殿后的去向，历史有很大的争议和猜测，以上也只是猜测的一种，到底建文帝后来是咋样了，只能是历史的一大谜团了。
再说京城那边，城破了以后，诸王和文武大臣都跑到燕王那里劝他登基。燕王先去了孝陵祭拜了一番，然后才进城。七月初一，他在南郊祭了天地，然后就去了奉天殿登基，成了太宗文皇帝（嘉靖时改为成祖）。他还说，这一年还是洪武三十五年，明年才是永乐元年。他还恢复了周王、齐王的爵位，清了三天的宫，杀了不少宫人、女官和内官，只有那些得罪过建文帝的人才得以幸免。
燕王啊，还审问了宫人和内侍，问建文帝的下落，他们都指着皇后的尸体说是建文帝。燕王就把尸体从灰烬里拉出来，哭着说：“这小子怎么这么不懂事，跑到这儿来了。”他还召了翰林侍读王景来问葬礼该怎么办，王景说：“应该用天子之礼。”燕王就同意了。他还把吕太后迁到了懿文陵，把懿文太子的儿子们都降了爵位，后来还都死了。他还把建文帝的小儿子幽禁在广安宫，后来也不知道跑哪儿去了。
他还下了榜文，捉拿奸臣齐泰、黄子澄等一百多人，给告发和擒获他们的人赏钱。这一来，告发和捉拿他们的人可多了，趁机报仇的也不少。燕王还召了徐辉祖来审问