1990年那个闷热的夏夜，日本东海岸的某个秘密港口，一艘外形诡异的船只缓缓驶向深海。在船上，工作人员正有条不紊地将储存着核废水的巨大容器连接到排放管道，随着阀门的开启，带着致命辐射的废水如黑色的毒龙般涌入海洋。这是人类对海洋犯下的又一不可饶恕的罪行，而海洋，即将开始它的“复仇”。
几个月后，日本沿海的渔民发现捕获的鱼群出现了奇怪的变化。一些鱼的鳞片变得残缺不全，身体上还长出了奇怪的肉瘤，眼睛也变得浑浊无神。这些变异的鱼一开始并未引起太多人的关注，直到一位海洋生物学家在研究中发现，这些鱼体内的基因被严重破坏，是高剂量辐射导致的结果。消息传出，沿海居民陷入了恐慌，然而，日本政府却试图掩盖这一事实，声称这些变异只是个别现象，不会对海洋生态和人类造成威胁。
随着时间的推移，海洋中的变异生物越来越多。一些小型的海洋生物，如虾蟹，体型变得异常巨大，原本只有几厘米长的虾，如今能长到半米，它们的钳子变得锋利无比，能轻易夹断金属。而一些深海生物，由于受到辐射的影响，也开始上浮到浅海区域，它们的外形恐怖狰狞，有的甚至长着多个脑袋和触手，成为了海洋中的“怪物”。
海洋生物的变异已经不再局限于日本沿海，而是开始向全球蔓延。太平洋上的许多岛屿附近，都出现了变异生物的踪迹。一些美丽的珊瑚礁，因为受到辐射的污染，开始白化死亡，而依赖珊瑚礁生存的众多海洋生物也随之灭绝。海洋食物链遭到了严重的破坏，原本处于食物链顶端的鲨鱼，如今也面临着变异生物的威胁。
一些以浮游生物为食的鱼类，因为浮游生物的变异，不再适合作为食物，导致这些鱼类数量锐减。而以这些鱼类为食的大型海洋哺乳动物，如海豚、鲸鱼，也因为食物短缺，开始出现营养不良的症状。海洋生态系统陷入了一片混乱，整个海洋仿佛变成了一个巨大的“怪物孵化场”，各种奇形怪状的变异生物不断涌现。
在这个时期，人类社会也开始受到海洋变异生物的影响。渔业资源的枯竭，导致全球海鲜价格飞涨，许多依赖渔业为生的国家和地区陷入了经济困境。同时，一些变异生物还会偶尔袭击靠近海洋的船只，造成人员伤亡和财产损失