理解的，他体会到一名格言的真谛：“虎不可失威，人不可失势。”他秘密率船队离开泉州，再次返回到台湾的基地，重新当起海上的霸主，政府第一次招抚彻底失败了。
见识短浅的福建官府很快就要付出高昂的代价。福建的水军几次进剿郑芝龙，但无一例外遭到失利，郑芝龙在俘虏了水军将领卢毓英之后，将其释放并让他转告上级，称自己并无意与政府对抗，并说：“苟得一爵相加，当为朝廷效死力，东南半壁可高枕矣。”再次明示只要政府授予他一定的官职，他不仅愿意归顺，而且还将以他庞大的海上力量，力保中国东南沿海的安全。
与海盗谈条件，对傲慢的官府来说无疑是一种耻辱。福建巡抚朱一冯严令都督俞咨皋全面进剿郑芝龙，俞咨皋是嘉靖时代剿灭倭寇的名将俞大猷的儿子，但这并不表明他与父亲一样能征善战，连郑芝龙都嘲弄他\"徒读父书安知兵”，这次出剿不仅损失折将，最后连中左所也被郑芝龙的海盗军所攻占，屡战屡败的俞咨皋最后被政府处死。
面对郑芝龙势力的逐渐强大，连荷兰人都深感威胁。大量招收泉州、漳州一带的百姓进入海盗队伍后，郑芝龙所控制的船只已经达到一千艘，由于福建官府根本无法与郑芝龙相抗衡，所以秘密约请荷兰人参予清剿郑芝龙的势力，作为报答，福建巡抚朱一冯向荷兰人保证，将向皇帝请求让荷兰人获得与中国贸易的特权。荷兰驻台湾的总督韦特便率荷兰船只进攻盘踞在福建铜山的郑芝龙的船队，但是郑芝龙马上还以颜色，海盗船上强大的炮火令荷兰人心惊胆战，韦特总督被吓得一炮未发，便仓惶率着维蕾德号、伊拉斯莫号船逃往爪哇，其他的船只在郑芝龙坚船利炮的打击下，损失惨重。
在此之前，郑芝龙与荷兰人在贸易合作上一直比较融洽，但荷兰人协助福建官兵清剿，令郑芝龙无比的愤怒，他决心要狠狠地报复荷兰人。在台湾海峡，没有任何一支海上力量可与郑芝龙相对抗，包括荷兰人，很快，荷兰人的一艘搭载八十五名水手的大帆船被郑芝龙所截获，装载有价值一万八千里尔货物的荷兰商船同样被劫走，另外至少还有五艘荷兰船只也落得同样下场。被困在台湾岛南部的荷兰人这样说道：“因为船只不能在中国的海岸露面，一露面就要被一官截获，我们三百五十人只好坐困