此间，无能为力。”荷兰人狼狈到只剩下\"一艘待修补的船只”，只能坐等东印度公司的救援。
福建官府很惘然地发现，无论是官兵还是荷兰人，对郑芝龙清剿的惟一结果，是使郑芝龙的力量更加强大，郑芝龙的军事基地，从台湾岛的西部一直建到了福建的东南海岸，整个台湾海峡实际上已经全部在郑芝龙的控制之下。
对郑芝龙的威胁相比，明朝政府更大的隐患是来自北方的满族人，满族人的后金不仅是一个异族政权，而且他们进攻的方向直接威胁到帝国首都的安全，因此帝国政府将战略防御重点设置于北方，这是必然的。对于战略居于次要地位的福建，朝廷并不想投入太多的军事力量来对付郑芝龙的海盗集团。
1627年的八月，天启皇帝病死，继任的崇祯皇帝大力调整帝国的政策，这使得重新招抚郑芝龙成为可能。第二年，熊文灿被任命为福建巡抚，这个对时局有着比较清醒认识的官员，力主对郑芝龙招抚，并获得了兵部的认可。曾经被郑芝龙俘虏并且释放的水军将领卢毓英被派往劝降郑芝龙。以经过第一次招抚被冷落的经历后，郑芝龙更加小心谨慎，他将谈判的筹码抬高了。首先，他要求庞大的军队不被遣散，没有武装实力，他便是一文不名，他提出的理由是用这支军队\"剪除夷寇、剿平诸盗”，这一点他也不用过分担心，因为朝廷也需要借助他的力量。其次，他再次强调朝廷应当授予他一定的官职。对于这两项要求，卢毓英表示\"定然题保，决不负将军归诚意”，至于军队方面，只是要求郑芝龙能约束自己的部队，“严饬诸人，登岸毋得放纵”。
谈判进行得非常的顺利。由于郑芝龙集团中惟一可对他威胁的陈衷纪在一次海战中，被另一股海盗李奇魁击毙，因而这次归降朝廷，在海盗集团内部并没有遭到强烈的抵制。郑芝龙深谙官场的规则，他同时以大量的银两以及奇珍异宝贿赂福建官员以及朝中政要，这也使得他的要求并没有在朝中引起很大的争议。在正式接受招抚之后，郑芝龙被授予守备职，这虽然不是一个很高的官职，但从此他的海盗集团一变成为合法的政府地方武装，这支武装力量，仍然被郑芝龙牢牢地把握在手中。
郑芝龙没有忘记对自己的基地台湾岛进一步开发，1628年，即崇祯元年，闽