南地区遭到大旱灾，由于饥民太多，难以安置，郑芝龙便乘机向熊文灿提议，招纳泉州、漳州数万名灾民，前往台湾岛垦殖，每人发给三两银，三个人发给一头牛，让他们在台湾岛上建立家园，开垦荒地。
这是开拓台湾的一个重要事件，是继颜思齐之后，更大规模的一次开发台湾岛，岛上肥沃的土地、适宜的气候，使得这里一亩地的收成，竟然两倍于大陆，灾民们摆脱了饥寒交迫的窘境，而郑芝龙也坐享其成，收取了大量的田租，这使得其财富更是扶摇直上，这也确保了他对庞大的私人军队的绝对控制权。
郑芝龙的的舰队，是从郑和组建西洋舰队以来二百年内中国最强大的海上力量。在世界进入大航海时代后，这也是一支太平洋西部海域无人可以匹敌的势力。但是郑芝龙身上带有很明显的中国的特点，在数千年的传统观念中，中国之外的土地，都只是蛮夷地带，这些海外的广阔土地，根本不值得去占领，这种观念也是殷海光所说的\"自足文化系统\"的一部分，当西方国家不断地向海外扩张之时，郑芝龙却反其道而行，将目光又返回中国的国内。从某种意义上说，郑芝龙的目光比起颜思齐，显得短浅缺乏世界性。如果历史可以假设一番，郑芝龙将势力向南扩张，与荷兰人、葡萄牙人、西班牙人争夺南洋的控制权，那么凭借他的力量，中国人的历史或许将被改写。
在摇身一变成为大明帝国的将领之后，郑芝龙开始制订打击中国东南海盗势力的计划。在这次招抚与受抚的交易中，无论是郑芝龙还是大明朝的政府，都成为赢家。
虽然郑芝龙的海上力量一枝独秀，但是在东南沿海，仍然存在有其他大大小小的海盗，拥有的船只从两三条到百余条，这些海盗的力量也不可小觑，即便是郑芝龙集团，有时也会吃这些海盗的暗算而吃亏，其中最典型的例子，就是郑芝龙集团的第二号人物陈衷纪死于李奇魁的海盗集团之手。那是在郑芝龙第一次被招安未成后，陈衷纪得知自己的结义兄弟要返回台湾岛，他亲自率船前往迎接，但是在澎湖岛时却遇到李奇魁的海盗船队，陈衷纪在战斗中被李奇魁所杀。郑芝龙将首战的目标选定为李奇魁，这就不足为奇了，为结义兄弟复仇，也是为集团的第二首领复仇，这无疑能激励部队战斗的士气。
李奇