恩的隆武帝，除了口头上的效忠，也无法给予更多的实际支持，他对隆武帝表明心迹：“陛下郁郁不乐，得无以臣父有异志耶？臣受国厚恩，义无反顾，臣以死捍陛下。”
这位郑氏子弟的表态，令隆武帝感到一股温暖与欣慰。虽然郑成功也多次规劝父亲扛起抗清的旗帜，但是郑芝龙置之不理。
隆武帝成了一个傀儡，在福建是混不下去了，在这种情况下，他决心御驾亲征。
隆武帝召来郑成功，显然他对郑成功非常信任，把心里话都掏出来说了，问他道：“芝龙、鸿逵，朕将谁依？”郑成功也表现出他对隆武帝的忠诚，实话实说：“臣父、叔父皆怀不测，陛下宜自为计。”隆武帝不仅长叹了一口气，又问道：“汝能从我行乎？”郑成功回答说：“臣从陛下行，亦何能为？臣愿捐躯别图，以报陛下。此头此血，总之，已许陛下矣。”
隆武帝亲征的目的，是为了摆脱郑芝龙的控制，当时尊奉隆武政权的还有两广、江西、云贵等地的官员，所以隆武帝想离开福建，这样可以集合其他地区的抗清力量，免受郑芝龙的掣肘。隆武帝决心先转移到江西的赣州，这个战略是基于这样的出发点，江西东临闽浙、西接湖广，南有广东，这些地区或者掌握在南明手中，或者正与清军对峙，只要能在江西立足，凭借皇帝的号召力，终究会对大局有稳定作用。
虽然郑芝龙飞扬跋扈，但隆武帝亲征，他也不能拒绝出兵。于是郑鸿逵率一支军队出仙霞关，策应浙东的抗清力量；郑彩率另一支军队出杉关，准备与江西的抗清义军会师。
隆武元年的年底，隆武帝离开福州，于十二月二十六日抵达建宁。然而此时郑家军又出了事情，在郑芝龙的暗中授意下，郑彩的军队到了杉关之后，就停止不前了，隆武帝派往郑彩军中的监军张家玉十分心急，催促郑彩继续前进，但郑彩根本不理睬，反而将军队撤退到了浦城。隆武帝大怒之下，削夺郑彩\"永胜伯\"的封号。同样，另一支出征的军队，进入浙江的郑鸿逵部将黄克辉从浙江撤回到了福建，对于郑家军的阴奉阳违，隆武帝除了愤怒之后，只能是无奈了，对郑鸿逵惟一的处罚，只是将他由太师降为少师。
由于江西的北方诸府已经被清兵攻占，郑彩又临阵退兵，这样一来，隆武帝