声桓在1648年的三月对江西南部的赣州发动进攻，但是赣州战役却进展缓慢，经过两个多月的围攻，仍然未能攻克赣州。此时清廷以谭泰为征南大将军，大举增兵江西，并开始进攻南昌。金声桓被迫放弃赣州之战，退保南昌，到次年正月，南昌终于被清军攻破，金声桓自杀身亡。
中国人都知道唇亡齿寒的道理，但在南明内部，这个浅显的道理一再被争权夺利的官僚们所忽视。在金声恒被围困南昌期间，无论是南方的李成栋还是西面的何腾胶，都没有给予有力的支援。李成栋并不急于救援南昌城，而是在九月份对江西赣州发动进攻，然而这次浩大的攻势却意外地被坚强的赣州守军所遏制，南明军队损失了一万多人，李成栋心灰意冷地返回广州。次年二月，李成栋对赣州发动第二次进攻，赣州的清军采取主动出击的策略，李成栋军大败，而他本人也在渡河过程中意外落水丧命。
几乎与金声桓、李成栋败亡的同时，永历政权下最重要的将领之一何腾蛟意外失手。金声桓与李成栋的相续反正，给了南明的复兴一个难逢的机会，在这种情况下，南明军队乘机反扑，占领了湖南绝大部分地区，然而南明内斗的故事却一再重演，致使军队内部一片混乱，清军渔翁得利，济尔哈朗迅速进逼何腾蛟所在的湘潭，当时何腾蛟想召回逃亡的南明军队，手上根本没有军队，因此被清军所俘虏，他拒绝投降，最终被清军处死。
南明复兴的事业，又从高潮跌落低谷。