清军水师的战斗力过于低估。次日，清水师又出动船只前来挑战，陈六御、阮骏率船再度出击，结果清军十分狡诈，采取诱敌深入的战术，且战且退，将郑军水师引入到定海关附近的水域。定海关附近的水域，郑军相当陌生，结果当舰队驶入这区域后，对水文环境非常不了解，以致于陈六御、阮骏的座船都陷于水流中，难以行进。
此时清军船只一拥而出，认得是陈六御与阮骏的座船，便集中力量，齐攻这两艘船。清军的铳炮齐发，箭矢如雨，陈六御的座船损毁严重，清军的船只节节逼近，陈六御的船只仍陷水流中无法回旋，他仰天长叹，自知难以突围，向南而拜，然后蹈海而死。
在另一处，阮骏的座船上以铳炮猛烈还击，击沉两艘清军舰只，但是后续船只在清军舰队的分割之下，难以救援，阮骏最后引燃船上的火药，与船俱焚，壮烈牺牲。
郑军舰队在两名指挥官先后战死后，群龙无首，只得四散退却。清军水师乘机反击舟山岛，在舟山岛登陆后，进攻舟山城。在清军的优势兵力下，守将张鸿德战死，舟山城失守，清军将城内居民全部迁移到大陆，然后拆毁舟山城。
郑军的残余部队在马信的带领下，艰难返回到福建，向郑成功汇报舟山失守的消息。唉，创业艰难百战多，在广东揭阳战败后，黄梧将军事重镇海澄拱手让给清军，现在浙东的舟山岛又沦陷。这样，郑军已经从广东战场与浙东战场撤回到福建沿海，郑成功决心在福建沿海战场上夺取战争的主动权。
九月三日，郑成功抵达闽安镇后，详细考察闽安的地势分布，认为闽安是进出省会福州的门户，便派冯澄世督修筑土堡城寨，准备将闽安作为长期威胁福州城的军事基地。同时，郑成功在罗星塔增筑土城，在永福港肖家渡设水师扼守，以断绝清军的水上通道。
为了缓解郑成功对省会福州城的压力，清军统帅达度决定进攻福建南端的铜山岛，以迫使郑成功分师援救。十月六日，清军从诏安渡海，在铜山岛登陆。驻守于此的郑军后冲镇与护卫右镇发起反击，清军登陆官兵被杀得半甲不留，全军覆没，进攻的计划受到重挫。
郑成功的频频出击，令清廷倍感头疼。清廷以郑成功拒不受诏、攻破郡邑为由，将郑芝龙逮捕入狱，并且逼郑芝龙再次