，立即接收了投降的刘牢之，然后带着军队进军建康。
司马元显束手无策，只能跑到东府去，任由桓玄的军队进城。
桓玄一进城，便派兵抓住了司马元显，还有他的党羽庾楷、张法顺，以及谯王尚之，一并给杀了。
桓玄让刘牢之当会稽内史，实际上是夺了他的兵权。
刘牢之这才吓了一跳，说道：“桓玄一进京城，就夺了我的兵权，我恐怕是祸在旦夕了！”
唉，后悔也来不及了。
刘敬宣见父亲如此狼狈，便劝道：“父亲，不如我们偷袭桓玄，或许还有一线生机。”
刘牢之摇了摇头，担忧地说：“我兵力不够，如何偷袭？”
说罢，他把刘裕叫来商量。
刘裕一听，叹了口气，说道：“将军，你后悔没听我的话，现在被桓玄给卖了。
我宁愿辞职回京口，也不忍心看着将军你孤立无援啊。”说完，转身就走。
刘牢之又把手下的官僚幕僚们都召集起来，商量着要守住江北，发布檄文讨伐桓玄。
但这些官僚幕僚们因为刘牢之反复无常，心中都有了离开的念头。
当面虽然勉强表示赞成，但等到刘牢之准备出发的时候，他们就陆续都散了。
就连何无忌也不愿意跟着刘牢之了，他和刘裕悄悄商量着该怎么办。
刘裕对他说：“我看将军这次肯定是难逃一劫了，你可以跟着我回京口。
如果桓玄能守住做臣子的本分，那我和你就不妨在他手下干事；
如果他不行，咱们再想办法除掉这个奸贼，也不晚！”
何无忌点头说好，也没跟刘牢之告别，就跟着刘裕一起回京口了。
刘牢之带着几个心腹，趁着夜色悄悄离开了军营。
然而，他心中惶恐不安，总觉得桓玄的追兵就在身后。
他一路狂奔，直至一处树林中，终于停下了脚步。
此时，刘牢之心中绝望至极。
他望着天空，长叹一声，说道：“我刘牢之一生英勇善战，却落得如此下场。罢了吧，我何不就此了断，免得受那桓玄之辱。”
说罢，他解下腰带，在一棵树上吊死了