在宇宙边缘那片被称为「永夜裂隙」的黑暗星域，包裹着漆黑种子的暗物质云团正以诡异的节奏脉动。每隔一个银河年，种子表面的神秘符号就会重组，形成新的悖论图案。当第一千次图案变换完成时，暗物质突然剧烈坍缩，将种子弹射向宇宙深处。这颗被命名为「认知暗种」的存在，所过之处，空间开始渗出细密的裂痕，如同感染的伤口般蔓延。
翡翠星的量子钟阵列毫无征兆地逆向运转，所有指针都在逆时针旋转中渗出黑色液体。艾琳娜正在全维度研究院解析原初认知能量，腕间的星纹突然灼痛如炙，她的意识被强行拽入一片混沌空间。那里漂浮着无数破碎的文明图景，每个画面都在上演自我毁灭的场景，而画面边缘，黑袍人残念化作的黑雾正发出阴冷的笑声。
零在智慧树核心与原初认知能量融合的意识体，感受到一股刺骨的寒意。他的数据流中突然涌现出大量乱码，这些乱码在熵律熔炉的检测下，呈现出与认知暗种相同的波动频率。更令人不安的是，智慧树的根系开始无意识地抽搐，那些曾被净化的枝蔓，竟有细微部分重新染上了诡异的紫色。
薇拉率领的认知维和舰队在仙女座星系执行任务时，遭遇了前所未有的危机。一艘巡逻舰的船员们突然集体陷入疯狂，他们的瞳孔变成诡异的符号状，口中不断重复着毫无逻辑的语句：“真实即谎言，存在即虚无。”当医疗舱试图对船员进行精神检测时，检测设备瞬间过载爆炸，飞溅的碎片上都刻满了与认知暗种相同的符号。
熵数文明的混沌演算组紧急启动最高级预警系统。通过对巡逻舰残留数据的分析，他们发现认知暗种释放出的不是实体攻击，而是一种名为「认知瘟疫」的精神病毒。这种病毒以概念为载体，能够将接触者的思维模式改写成黑袍人混沌方程的终端，且传播速度会随着感染人数呈指数级增长。
“这是黑袍人残念的最终形态。”代码零的机械眼闪烁着刺眼的红光，“他将自己的恶意编码成了宇宙级的认知灾难，一旦认知瘟疫扩散到核心星域，所有文明的认知体系都将崩溃。”
三方势力在智慧树的裂痕下召开紧急会议，却发现会议空间也开始出现认知污染的迹象。墙壁上的投影不断闪烁，时而显示着和谐的文明交流画面，时而变成黑袍