朱由渠进入汉中后，立刻整顿汉中的秩序，汉中城很快恢复了往日的繁华。五天后朱由渠在城外祭奠瑞王朱常浩一家，并将其安葬。同时上书朝廷，“流贼进入汉中，瑞王一家被流贼所害。望朝廷批准自己在汉中招募军队对抗流贼。”
等安排完表面工作后，朱由渠在瑞王府的正殿召见了他的文臣武将。孙焕之首先出列拱手道：“殿下，如今整个汉中，除少数地方在，基本上已在我光复军的掌控下。如今府库充盈，地方稳定，正是扩军备战的好时候啊。”朱由渠得意的点了点头。见朱由渠表示赞同，孙焕之继续道：“不过，这一路走来，汉中地区的官员被流贼所杀者甚多。如今官府十室九空，很多地方根本就运转不起来，还望殿下定夺。”朱由渠又点了点头，然后沉思片刻后道：“让汉中地区的举子和秀才补缺，还有逃到汉中的流民中若有能力，也可破格提拔任用。”孙焕之皱眉道：“殿下，这恐怕不合朝廷规矩吧，一般任命员，都是要走流程的，这…。”朱由渠摆摆手笑道：“孙卿过虑了，非常时期行非常之事。如果什么事都按流程来，那就什么事都别干了。任命官吏的事就你来办吧，记住，一定要选有才能的人，我们这儿可不养闲人啊。”孙焕之点了点头，拱手称“诺”。朱由渠又看向岳鹏飞道：“鹏飞，如今我们占领了汉中，这里可比怀庆府大多了。要守住这么大块地方，就我们现在的军事实力恐怕不行。你接下来跟和君明研究一下，看我们要扩充多少军队，需要多少装备，然后跟君泽讨论一下军费的问题。”三人同时抱拳称“诺”。随后朱由渠又转向刘学民道：“学民，宋先生现在怎么样了？”刘学民拱手道：“殿下，经过这么久的相处，宋先生现在已经不打算走了，而且还要将他的家眷都迁到汉中来？同时还写信给他的学生们，让凡是愿意来的都过来。估计到时候还有学生的家属也会跟着过来，殿下可能要做好安排才行。”朱由渠兴奋道：“没问题啊，只要他们肯来，孤一定精心安排。对了，如今我们已经有了根据地，接下来你的任务可比较重了。首先，要将你的知识适当的传授给宋先生和他的徒弟们，其次，你要跟宋先生组建格物院，让大家有个潜心研究格物的地方。其三，还要开设小学和中学，为未来做人才储备，其四，要建设兵器工厂，打造各式武器，岳将军还等