小股人马登岛，确定码头附近没有设伏之后，才让船队进港靠岸，而负责侦查的探马则是前出到南日寨附近，观察守军的动向。
十八芝这次总共出动大小帆船八十余艘，参战人员两千余人，虽说规模似乎还比不上过去攻打中左所的几次大型会战，但这次出动的人员和船只都是经过了一定的筛选，船都是船龄短速度快的好船，人都是在福建海域征战多年的老海狗，可以算得上是十八芝中的精锐了。
当然兵力越多把握越大的道理不是郑芝龙不懂，实在是有心无力办不到。十八芝说起来现在还有上万成员，但这么多人就算窝在澎湖不动，每天的消耗也是一个极为惊人的数目，就更不用说打仗了。而十八芝近两三年屡战屡败，非但没有从战争中获得好处，反而是开销巨大，入不敷出。如果不是还有东北亚的几条走私航线支撑着，说不定十八芝早就已经破产散伙了。
这次攻打南日岛也是如此，虽然人有的是，但十八芝却难以提供足够的作战补给。派出的兵力与能够持续的作战时间是成反比的，派出的兵力越多，所能在战场上作战的时间就越短，如果十八芝倾巢而出，那大概就只能来个南日岛一日游然后就得赶紧回家了。经过各方面的权衡之后，才最终决定了派遣的兵力——至少后勤补给方面能支持他们在南日岛进行十日以上的作战。
十八芝毕竟只是一群海盗，作战纪律之类的约束十分松懈，光是这些人登陆集结，就足足搞了一个多时辰。等这一摊子搞完，天色也慢慢暗下来了。郑芝虎虽然也对这种情况极其不满，但他唯一感到庆幸的是对手并没有抓住这个机会从南日寨出击，否则以码头上这么乱糟糟的状况，基本上不太可能很快组织起有效的反击。
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