然而此时先期出逃的海盗船已经将逃生航道塞得满满当当，这些船当中绝大部分也都因为出逃期间所受的炮击而导致不同程度的损伤，很难再保持完美的航行状态，一大堆破船挤在相对狭窄的水道上，船速自然就快不起来了。尽管郑芝虎是带兵的大头领，但他此时连旗号都不敢在船上打出来，唯恐因此而引起了对手的关注，虽然心中焦急，但也只能跟着大队伍慢慢往前蹭。
此时赶到码头的海汉民团已经基本结束了战斗，开始接管港口地区，并且对俘获的十几艘没有来得及出逃的海盗船清理搜查。被遗留在港口的数百名海盗并没有给民团带来太多的麻烦，绝大多数人甚至连像样的抵抗都没有，就选择了投降保命——因为他们都听到海汉士兵在很远的地方就用喇叭在反复呼喊着“放下武器，投降不杀”的口号，而这个时候再继续选择战斗的方式来对头目尽忠，似乎也没什么实际意义了。保住自己的性命，不在大势已去的情况下继续作出无谓的牺牲，这才是一个心智正常的人应该作出的选择。
而最终没能离岸出逃的海盗船，占了这次来袭船队总数的大约五分之一。这些船没能出逃的原因除了船体受损或者是水手们没及时登船之外，其中大部分是因为根本还没来得及把补给物资装上船，就算侥幸逃出去，船上的人也会在一两天之后就陷入缺水缺食的困境中。而被遗留在港口的最后一批海盗中大部分人都是有伤在身，这样的出逃几乎无异于自杀，倒不如留下来向海汉投降，或许还有存活的机会。
极个别试图要凭借个人武勇作垂死挣扎的海盗，在火枪与刺刀的镇压之下也迅速溃败。在成建制的职业军队面前，个人武勇所能发挥的作用极其有限，而且带兵的高桥南对于抵抗者的态度一向都很坚决——战场上凡拒不投降者，无需请示或警告即可立毙。于是每一个冲出来想要做最后一搏的亡命徒，所得到的都是步调一致的排枪射击和随之而来的近身补刀。
被杀死的抵抗者会立刻拖到码头上，向那些已经选择了投降的海盗们展示，以此来告诫他们不要再妄动别的心思，否则这些负隅顽抗者的尸体就将是他们的下场。而这种震慑手段的确也起到了极好的效果，海盗们在看到同伴的尸体之后明显老实了许多，乖乖地照着海汉士兵的指挥在码头空地上双手