登辽之间的地域利益冲突，以及朝廷实施海禁等原因，使得这条海上通道逐渐荒废直至禁绝，庙岛列岛也一度被流民、逃兵和海盗所占据。
到了万历年间，辽东边防形势日渐严峻，朝廷迫于无奈之下，又下令重开登辽海运。而援助辽东所需的物资和人员，大部分都着落在山东，给这一地区的社会安定和经济发展都造成了沉重的压力。但这样的援助并没能拯救辽东战局，到天启年间，从辽东渡海逃到登莱的难民已有数万人之多，民间的地域冲突也越发严重。
这些矛盾积怨在崇祯四年终于爆发出来，辽军参将孔有德所率部队在吴桥发生兵变，转而攻击山东各府县。而登州城内因为集中了大量的辽东难民，又是孔有德军的出发地，当地居民获悉辽军兵变后，立刻对城内的辽人展开集体屠杀，而孔有德部在破城之后，出于报复也对城中的登州百姓进行了大屠杀。原本在明初建立起来的登辽互助关系，最终是以两地军民互相残杀的惨剧而告终。
其实在吴桥兵变之前，登莱巡抚孙元化、监军道王征已经在筹备以登州为战略基地，从海路进军收复辽东的作战计划。但孔有德这次叛乱将其计划彻底打乱，并且在1633年裹挟了大量人马和武器渡海逃往辽东归降了后金，之后便率部攻下了辽东半岛的旅顺口，彻底中断了登辽海上航道，并且也给之后的明清战局造成了深远的影响。
海汉对辽东地区的谋划其实由来已久，辽东半岛对于控制东北亚地区的战略意义十分重大，可以说是海汉今后的必占之地，但碍于路程遥远，主要基地都在南方的海汉军一直是鞭长莫及，只能按部就班地逐步向北推进。在胶东半岛建立据点的原因之一，就是要为下一步进军辽东半岛作准备。而渤海海峡和位于其间的庙岛列岛，自然也就成为了海汉海军接下来要重点进行考察的区域。
八月底的某天清晨，一队海汉战船驶离芝罘湾，绕过芝罘岛东角之后，便折转向西航行。王汤姆亲自率领这支舰队，对芝罘湾以西沿海地区及渤海海峡进行考察。
从芝罘湾到登州城附近海岸只有大约四十海里距离，以海汉舰队的航速只需大半天时间就能到。为了避免引起不必要的恐慌，舰队与海岸线之间保持着大约十海里的距离行进，在海上雾气的掩护之下倒也不易被