然义不容辞。他连疏极谏,言辞颇为激烈,万历非常生气,再三降下严旨,贵备于慎行“以东宫要挟皇上。”
于慎行回答说:“册立之事,是臣部职掌,我如果不说,是为失职。请皇上速决大计,我宁可弃官归里。”态度极其强硬,丝毫不肯妥协,因为在于慎行看来,原则就是原则,原则问题不容谈判。
万历当然更不高兴了,大骂于慎行“疑上”、“淆乱国本”,把礼部大小官员都停了傣禄。偏巧正在此时,发生了山东乡试泄题事件,于慎行身为礼部尚书,虽然是科考的主要领导,但说起来只是有一定的领导责任,可于慎行仍然毫不犹豫地引咎辞职。
万历十九年九月,于慎行的辞职获万历批准,于慎行遂归隐故乡。他家居十余年,朝野上下多次荐他出山,万历皆不同意。直到万历三十五年,东宫已立、国本已定,廷推内阁大臣时,于慎行名列七位候选人之首。万历见势不可违,才命他以原官加太子少保兼东阁大学士入阁办事。但这时候,于慎行已经重病缠身,只能勉强到京觐见。不数日,卒于京华官邸,年六十三岁。于慎行死后,赠太子太保,谥文定。