三关以震畿辅;入河套则寇延绥、宁夏、甘肃、固原以扰关中”，对大明之北边防线造成很大威胁。
此外，宣大地区多是“分土而治，不相统辖，缓急调遣应援事多掣肘”，兵力分散，而蒙古则不然，常常是集中各部乘虚专攻一镇。在这种情况下，一镇之兵根本无法抵御，需要邻镇互相救援。但是各镇巡抚总兵无权调集他镇之兵马，邻镇有难，往往坐视不救，“一遇有警，因地方兵马单弱而各分彼此，不肯应援，纵肯应援，亦多观望，往往坐失机宜”，造成但求自保而难以自保之局面。
“假令并犯宣府，则大同应援为急，如并犯大同，则宣府应援为急，若先事一有所拘，而临事则有所诿，兵革之际，易相推托，将不免于误事。”
有鉴于此，为统一宣、大二镇兵权，加强二镇间的统一领导和协调行动，需设重臣统驭，故明廷于景泰年间设宣大总督以统二镇。宣大总督设置后，置罢不常，至嘉靖二十一年始定设不变。
宣大总督设立后，除统领镇兵协调二镇行动外，还于嘉靖二十一年获得了兼理粮饷之权。
“壬午，升整饬北直隶山西河南军饷右佥都御史翟鹏为兵部右侍郎，兼都察院左佥都御史，总督宣、大军务，兼理粮饷。”
后来防御形势日趋严峻，遂增重宣大总督之权，除事关机密者不得自专外，其余兵马、钱粮许便宜从事，先发后闻。《世宗实录》载:“户科给事中刘绘奏:‘顷者，北虏南侵，陛下特敕兵部侍郎翟鹏总督军务，臣惟虏遁而总督罢，虏至而总督增设，事出仓卒，机不素定，此非所以专责成，而图茂功也臣请陛下自今专任翟鹏，凡军马、钱粮悉得便宜从事。’上是之，即诏翟鹏除事关机密者不得自专，其兵马、钱粮许便宜从事，先发后闻。”
实际上，从嘉靖二十一年开始，宣大总督便常设不废，管辖范围及职权扩大，“翟鹏令兼督山东、河南，巡抚以下，俱听节制，事宁之日如故。”
嘉靖二十三年，又令该总督督令一切兵饷。嘉靖二十四年，宣大总督权力进一步增大，巡抚、总兵官事干兵马者，须关白总督，“宜令巡抚等官凡事干兵马者，俱关白总督，遇有便宜，听其先发后闻，不得互生嫌忌。”
到了嘉靖二十九年)，宣大总督定辖宣