后乃马真暂时监国(贵由的生母)，等库里台大会的时候再来推举出新的大汗。
皇后乃马真监国长达五年时间，在这五年间，为了能让儿子贵由顺利继承汗位，她滥行赏赐，极力拉拢宗室和大臣。在一切准备就绪后，才于1246年举行库里台大会。
此时术赤的儿子拔都在军中威望最高，听说要推举贵由为大汗，心中大为不满，以称病为由拒绝赴会。
贵由继位以后，对此怀恨在心，便举兵西征，讨伐拔都，结果为蒙哥继位埋下了伏笔。
贵由这厮命不太好，仅仅在位两年，便在西征的途中病逝了，由皇后斡兀立海迷失临朝称制。拔都为了对抗窝阔台系，以长支宗王的身份邀请各大臣、部落首领去他的领地召开库里台大会。
这显然是“违制”的，于是窝阔台系和察合台系都拒绝参加。
在此次大会中，拖雷的长子蒙哥在拔都的提议下，被大家推举为新的大汗。但是，由于窝阔台、察合台两家拒不承认，蒙哥只得邀请各大臣、部落首领到蒙古斡难河畔再次召开全蒙古的库里台大会。
在此期间，蒙哥的母亲、拖雷的妻子唆鲁禾帖尼，借助拖雷生前的声望，极力拉拢各宗王贵族。最终于1251年库里台大会上，蒙哥在各大臣、贵族的拥戴下顺利登基。
自此，蒙古帝国的汗位由窝阔台一脉转移到了拖雷一脉，大伴也引发了后来蒙古帝国的分裂。
蒙哥死后，蒙古帝国再一次发生了汗位争夺的闹剧。这一次的主角是蒙哥的两位弟弟：忽必烈与阿里不哥，他们比前面几位更厉害，甚至发展到了兵戎相见的地步。
1259年，蒙哥去世，留守漠北的阿里不哥想方设法诱使忽必烈回到草原，逼其拥戴自己为大汗。然后忽必烈并没有就范，而是于1260年，在开平城率先宣布继任大汗。
在忽必烈宣布继任大汗的几个月后，阿里不哥也在漠北库里台大会上被拥立为大汗。
这样一来，就出现了两大汗相抗衡的局面，蒙古帝国因此陷入了历时四年之久的激烈内战。而忽必烈凭借中原地区雄厚的财力、物力支持，最终打败了阿里不哥。
可是，在忽必烈获胜后，支持阿里不哥的钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗