禁卫军的兵源并非来自原先的京营卫所兵，而是由戚继光在河北民间招募。由于禁卫军成立时间不长，所经历的战争也还不算多，这些民间招募来的士兵一时半会儿显然难以成长为将领，因此禁卫军的将领来源就比较复杂了。
总的来说，禁卫军的将领以及中层军官来源有三个部分。
第一部分是戚继光的嫡系。这其中真正的“老将”只有吴惟忠一人，余者都是中层将校，在禁卫军体系中，大多是位于连、排、棚这个级别的军官，另外有几名营级军官。
这种安排是戚继光在请示高务实之后才做出的，原因有两点：一来禁卫军属于朝廷嫡系，甚至可以说是天子亲军(其作用有别于锦衣卫)，而戚继光并非勋贵一系，显然不敢在这样一支军队里安排太多自己的亲信将领，以免到时候弹章如雪，吃罪不起。
二来真正意义上的“戚家军”主力已经被戚金带走，去了辽东戍边。军队既然走了，将领当然也得跟着走，除了一些早年已经积功升官去了全国各地的将领外，当时还在军中的将领基本都跟着戚金走了。
至于吴惟忠，他是戚继光身边的得力干将，也是戚家军的“老人”，戚继光总要留个知心人在身边处理各种事务，否则他自己单枪匹马带这么大一支军队，那不得累死？
禁卫军的第二部分将领，来源于宣大三镇以及蓟州、昌平、保定等镇。这其中，毫无疑问宣大三镇属于高务实的嫡系；蓟镇虽然不是戚继光的嫡系，但属于戚继光的老部下；昌平、保定等镇则是高务实的辐射范围，大致可以看做高务实麾下的旁系将领，或者说泛实学派将领——他们投靠的文臣大佬属于实学派。
至于第三部分，自然就是勋贵、功臣的子弟了。这是没法子的事，禁卫军的属性摆在这里，如果军中一个勋贵子弟和功臣荫子都没有，别说朝廷文武百官不放心，连朱翊钧恐怕都要在心里打个突。
这部分将领都不是勋贵本人或其直系，通常是次子及余子，比如朱应桢的弟弟朱应槐、张元功的弟弟张元德等人。此外则还有来自于全国各地功臣名将之后，这部分以将门恩荫为主，比如高务实麾下著名的嫡系将门麻氏，就有麻承训(不是麻承勋)、麻承宣、麻承诏三人被麻贵一脚踢到了禁卫军。