这种事一不小心就可能闹大，闹大之后想要没事，很多时候都得靠着“众议汹汹”，而实学派中绝大多数的人都是跟着高务实的。
但高务实给他答复的口信很简单：“此考功司之责，天官酌情黜陟而已，毋庸深究。”
杨巍快到中午时分才收到这句口信，听完之后就放了心，马上从内阁回部，下令吏部考功清吏司郎中、员外郎及二主事一共四人全权负责此事。
高务实不是胡说八道，这个做法本身也是没有问题的。考功司作为吏部直接负责京察的部门，“掌官吏考课、勤涉之事，以赞尚书”，其职责在于对官吏“考其功过、别其善最，奏请黜陟”，在京察中发挥的作用极为重要。明人对于考功司的作用向来十分重视，比如陈有年在为考功司撰写题名记时，—度将其地位推崇到“天下得之则明，失之则幽；得之则理，失之则乱”的高度。
原历史上王锡爵在论及万历二十一年京察之时就曾说：“今年考察，系郎中赵南星专管”，此次京察因与“台省有异”而导致议论纷纭，然“本部堂上官，则以事在该司，不代为之认罪，亦或其体统当而不可深罪也”。
时任吏部尚书的陈有年在评价万历二十一年南京考功司郎中钱士完在京察中的表现时亦说：“当事难，当任怨之事尤难。诸臣所见，士完任怨矣”。
吏部尚书认为京察由考功司具体负其责，故造成不良之后果应由考功司官员来承担；内阁辅臣亦认为这种做法“体统当”；都察院长官也认为考功司实当任怨之事。
可见考功司在京察中的作用之大，责任之巨，以至于朝廷上下都认为考功司是京察的“主管单位”。
这种局面也不是只有万历朝才有，早在嘉靖二十四年时，薛应旅“为南京考功司郎中，主京察。大学士严嵩尝为给事中王晔所劾，嘱尚宝丞诸杰贻书应旅，令點晔”。
连当时权倾朝野的严嵩想黜退有私怨之人，尚需嘱托考功郎来办，考功司郎中在京察中地位之重可见一斑。
具体来说，“考功郎中每内外二计之年，其起用也，必限先一年春夏到任，馎咨公论，徐折众靖，不得她担，临期草草了事。内外察毕，功司掌印官仍宜宿部数日，查册内有议未处官，或系司府辩明，或系舆情共惜，一一