除此之外，大明的屯田还加速了西南地区的改土归流。比如在云贵地区，由于距离中原遥远，以前的朝廷一般都只能推行了羁縻的统治政策。经过长期的发展，云贵地区形成了大大小小的土司，他们虽然表面臣服于中原，但实际上却是地方的小王国，不利于国家的统一。
当大明进行大规模的军屯之后，大量的军队长期驻扎在云贵，形成了大量的卫所，将各大土司牢牢控制。一旦机会成熟，朝廷就可以在西南进行改土归流。
比如在永乐年间，消灭了思州田氏，直接推动了贵州省(布政使司)的建立。
高务实之所以能将广西土司的绝大部分迁往安南，实际上也有这个前提：广西的军屯导致广西半数左右领土掌握在了朝廷手里，而这些朝廷直辖地区也会对土司形成事实上的压迫，土司们也希望更加“自由”，所以高务实一忽悠一个准，最后大多被他忽悠去了安南。
而此时朝廷因为有足够的军屯作为底子，也可以比较顺利地跟上，占据并开发那些原先的土司领地。这一切的先决条件其实都是军屯带来的。
但是正如高务实在广西时所见的那样，大部分卫所兵几乎都是“乞丐兵”，这实际上也显示出军屯已经逐渐走向毁灭——因为军屯本身其实是建立在对军户残酷的剥削基础之上的。
军屯出产的粮食，除了自食之外，还必须交纳“屯田籽粒”。洪武年间规定，“人给田四十亩，岁征其半，余存自食”，也就是军户的产量一半需要上交。而军户本身就一直处于服役的状态，这使得国家对军籍户口的剥削是远远高于一般的民户的。
如果军户失去了土地，那就更惨，因为军户要“包赔屯田籽粒”。在大明中期开始，就有许多土地因为贫瘠而被荒废，但是军户不得不“终身佣身以输粮而不足者”。这个情况本书前文有述，此处不再重复。
总之就像此前说了多次的那样，卫所军屯的田地逐渐从集体所有变成了军官所有，而军官掌握之后则会以各种名目将田产隐匿，最终导致兵部方面实际能拿到的军粮逐年减少，直到此前高拱清丈田亩。
清丈田亩除了清出许多官员、士绅隐匿的民田之外，还清出了大量的军田，前几年朱翊钧动不动就免灾区赋税有一部分原因也在于此