给城市改名这种事，高务实不是头一回做了，比如正在兴建中的定南城，其实某种程度上也可以算是后世曼谷的改名。
至于马尼拉，在后世它是亚洲排得上号的大城市之一，甚至在一段时期里享有“亚洲的纽约”之美誉。
这座城市并非西班牙人在一块荒地上从无到有建立起来的，其历史最早可以追溯到公元前3000年。据后世学者考证，澳大利亚的土著居民最早发现吕宋岛并迁移过来，成为马尼拉最原始的居民。随后，马来人和波利尼西亚人也在此定居。
而关于马尼拉这个地名的由来，有这样一种说法：16世纪中叶，在后世古城遗址的附近有一个依河面海的栅堡。这座栅堡及附近居住着一个名叫德家乐的水上民族，是马来移民的后裔。
当时，除了栅堡附近有稠密的居民区，其余地方均是荒凉的旷野，蔓生着一种藤本白花的植物，德家乐民族称其为美尼勒，他加禄语叫做aynid，其汉语音译即为“美尼勒”，该城遂以此得名，意为“那里有花的地方”。
西班牙殖民者侵占美尼勒城之后，把它定为殖民地首府，大兴土木，加以扩建。当时的菲律宾总督黎牙实比稍变其音，将之改名为ayni，即马尼拉。
在此之前，此城便因为与中国的直接贸易往来，于汤都王国时期，尤其是大明中后期迅速繁荣起来。1485到1521年间，文莱王国的博尔基亚王室利用汤都王国与大明的繁荣贸易，在其附近建立了马尼拉王国。
之后，马尼拉王国成为文莱王国的卫星国，每年向其进贡。随着阿拉伯、印度以及东南亚商人的涌入，绿教在马尼拉王国得到迅速传播。
1571年6月24日，新西班牙(墨西哥)征服者米格尔·洛佩兹·德·黎牙实比从马尼陆，入侵并占领了菲律宾，然后在马尼拉市中心、巴士河南岸建立了城堡和炮台。自那时起，马尼拉便成了西班牙在菲律宾殖民统治当局的首府。
原历史上的1565到1851年期间，马尼拉—阿卡普尔科的大帆船贸易持续了三个世纪之久，促进了欧洲、非洲、拉丁美洲、太平洋岛屿以及东南亚地区的贸易往来。
在这段时间里，墨西哥和秘鲁的白银经由马尼拉被运到中国、印度及东