廷坚持海运的决心。可海运风险太大这个客观环境的存在，使得一直有人建议重修大运河。
最终，朝廷用工26万人，历时6个月，疏通了济宁至临清385里的会通河，同时根据地势高低，修建水闸38座“以时蓄泄”。
于是永乐十年时，工部尚书宋礼力再次指出海运的弊端，提出调整河海比重。又有平江伯陈煊治理淮河河道成功，可使3000艘漕船同时出动，载粮400万石，畅通无阻。
到了永乐十三年，经负责财政、运输的官员们多次请求，大明朝廷停止海运、改行漕运，大运河真正成为了南北经济大动脉。在此后近两百年里，虽然海运也偶然会重启，但漕运始终还是主流。
这一情况直到高拱当政那段时间，由于彼时黄河不断泛滥，漕运动不动就便堵塞不可行，严重威胁了京师及九边粮食安危，这才不得已重新实施了“河海并行”的策略。这个策略的特点是不废除漕运，但加强海运输送。
本质上来讲，高拱当时是“漕运为主，海运为辅”，至于实际运粮比重，大抵是漕运约占五分之三，海运约占五分之二。
郭朴时期萧规曹随，这个局面大致没有变化；张四维时期基本也没调整，但进一步加强了海运物资的种类，把南方不少实物贡赋也放进了海运。比如江南某地御贡茶叶、丝绸这一类。这样一来，海运的总运输量虽然增加不明显，但运输价值明显大有提升。
到了申时行时期，他面临严重的纠结，因为心学派内部对于这件事出现了地域争议。
南直隶长江以北的地区包括扬州、淮安等地，坚决要求申时行提高漕运比例；长江以南的地区包括南京、杭州乃至于淞沪老家，则强烈要求增加海运规模，尤其要求申时行确保高价值产品走海运而不能走漕运。
为什么会发生这种争议？其实不难解释，利益罢了。不过此处还是得先说一下大明的漕运体系到底是怎么运行的，这个争议才好说清楚。
漕运体系刚开始被视为军事工程，运送粮饷的人员都是军人，由前海运总督陈煊出任漕运总兵官，他一直担任这个职务长达三十年。
英宗正统四年(1439年)，朝廷以济宁为界，南北各设一名侍郎管理漕运；次年设置由文官担任