的漕运总督统筹事宜，其军事管理职能大大降低。漕运总督不设置固定的办公地点，不定期巡视临清、济宁、徐州、扬州等地的漕运行署衙门。
宣德以后武官漕运权被文官取代，实行文武双轨制，但实际上作为拥有超大权力的漕运总督是地位远远高于漕运总兵的。到了万历年间，由于海运兴起，占了五分之二比重，漕运总兵废除，一切事宜均由文官负责。
漕运总督地位极高，原历史上大明朝有99位曾任漕运总督的官员，其中30余位后来都入阁拜相。
由于大明财政体系设计得十分差劲，全国税收绝大多数来自于土地税，而同时农业税率又偏低，所以国家财政收入基本不会超过3000万(实物粮税被等价计算的情况下)。这3000万有1200万被地方政府截留，北方上缴的800万直接供应九边军队，剩下1000万在南方征收后经过漕运输送820万到北京。
漕运方式经历了多次改革，永乐十三年到宣德五年实施的是“支运法”。停止海运后，粮食仅通过运河输送，然而运河的输送量是有限的，于是朝廷就要求各地将上缴的粮饷运到淮安储备起来，然后分批输往北京——你看，淮安为什么要求提高漕运比例，答案的主要部分就在这里。
宣德五年至成化七年实施“兑运法”，此时朝廷好像意识到了百姓长途输运的负担过大，于是推行由军队直接运送漕粮，但是需要百姓自行承担损耗，结果从实际上来说也并没有减轻负担。
成化七年开始直至现在朝廷都施行“改兑法”。此法来自于成化七年漕运总督滕昭的提议，即免除农民的运粮，由军队直接到各县运输，但需要征收额外费。
怎么说呢，这个办法的立意或许是好的，但和古今中外无数法案一样，歪嘴和尚总能把经念得没人可以听懂，完全偏离本意。
打个比方，嘉靖三十五年(1556年)扬州府有一则记录，这一年一户百姓需要承担税粮173石，额外费1石，但百姓需要用12两银子抵消1石的额外费，然而实际上当时当地1石粮食仅值07两银子，这中间的差额就成了各级官吏的油水。
扬州为什么也要求申时行提高漕运比例，答案在此已经不言自明。
不过，申时行的麻