由蒙古都格拉特部贵族拥戴察合台汗后代所建。初以阿克苏为治，不久迁阿力麻里，后又以牙儿坎诸地为统治中心。
秃黑鲁帖木儿汗时建都于阿力麻里，当时国力强盛，统治着包括南北疆统一的东西察合台汗国。
杜格拉特的哈马儿丁杀害耶利亚思和卓篡位，汗国大乱并四分五裂。在播拉挤家族的忽歹达拥戴下黑德尔和卓在别失八里继位，并重新统一汗国，因此中原史称其为“别失八里汗国”，但当时瓦剌人已经进入阿尔泰山南部地区。
1399年黑德尔和卓汗去世，其子沙迷查干汗继位，1408年沙迷查干汗去世，其弟马哈麻汗继位。沙迷查干汗去世后各地诸侯日渐强盛，穆罕默德汗被播拉挤家族架空，别失八里汗国的国力则日渐虚弱。
1408年瓦剌人乘机越过额尔齐斯河南下，短暂占领了国都别失八里以及北疆东部部分地区，但不久之后被穆罕默德汗直属部队驱赶。这也是瓦剌人第一次进入额尔齐斯河以南。
1416年穆罕默德汗去世，汗国陷入汗位争斗内乱，瓦剌人乘机第二次占领国都别失八里地区。
1418年纳黑失只汗遇刺身亡，穆罕默德汗继位，乌外思汗在帖木儿王朝支持下自立为王。1420年穆罕默德汗又去世了，乌外思汗继位并改制成为苏丹，然后迁都至亦力把里，也就成了“亦力把里汗国”。
该时期汗国已经四分五裂，南疆被播拉挤家族占据，东疆吐鲁番汗国自立并在名义归顺大明，瓦剌人则占据北疆东部别失八里地区。
乌外思汗打出对异教徒瓦剌人的s战的旗号，得到广大教派人士的追随。首先通过拉拢南疆各城主挤走了n朝元老播拉挤家族的忽歹达，然后北伐瓦剌人。虽然其征伐多次以失败告终，甚至被俘和被迫和亲瓦剌人，但仍然在1422年统一了吐鲁番，不久又打败了盘踞在别失八里地区的瓦剌人。
1432年乌外思汗在伊克赛湖跟帖木儿王朝战争中被自己人误射去世，他的后人为争夺汗位发生内斗，也先不花汗坐上汗位。玉努斯汗(也称羽奴思汗)率部到帖木儿帝国避难，喀什噶尔地区被帖木儿王朝将领占据。
此时，蓝帐汗国乌兹别克部在阿布里海尔时期强盛征服了白帐汗国等地区，白帐汗