经这种情况了，朝廷竟然还以财政困难、四川叛乱为由，没有理会他求兵、求饷的诉求。而东林党人更是趁此机会，以“没有钱也能打胜仗”的名头，为自己一派的王化贞要来了辽东巡抚一职以制衡熊廷弼。
这里最可笑的是，熊廷弼要不到军饷，东林党却为王化贞谋划好了相应的军饷。这样一来，就出现了身为辽东经略的熊廷弼受尽掣肘、不得施展，而辽东巡抚王化贞反倒独率六万大军镇守广宁重镇，且军饷充足的鲜明对比。
期间，东林党人为力撑王化贞而多次奏请撤销熊廷弼在辽东的官职，而王化贞也表示说自己能在秋天之前给朝廷带来捷报。熊廷弼此时的处境之艰难已经显而易见。
然而，东林党人夸下海口的本事有，相应的实力却显然没有。面对五月份汹汹而来的八旗大军，王化贞甚至没有一丝反抗的实力，只能丢下广宁，一路向山海关溃逃。
等到熊廷弼赶来支援时，广宁已被努尔哈赤拿下。他还是老脾气，先是嘲笑了王化贞一番，最后仍然接过残部，将军民护送到了山海关。
按照当时的情况来说，王化贞显然要对丢失广宁一事负主要责任，但东林党人为了掩盖曾经力荐王化贞驻守广宁的举动，摆脱身上的罪责，因此开始祸水东引，在熊廷弼“支援不利”问题上泼脏水。所以熊廷弼也被送进了监狱，等待判刑。
熊廷弼在狱中呆了三年，一直在为洗清自己的冤屈而努力。然而，他最终还是没能成功，因为他彻底成为了政治斗争的牺牲品。
当时，与东林党结怨的阉党，打算趁着这次东林党立身不稳的时候，捏造一些罪名，将其置于死地。而就在阉党之首魏忠贤思考要捏造什么罪名的时候，早年曾与熊廷弼有嫌隙的一位马姓宦官提出，可以捏造熊廷弼曾向东林党人行贿的罪名。
于是，明明和东林党不对付的熊廷弼就这么死了。
说来可笑，被他极力想要摧毁的后金政权，却在一百多后由乾隆出面，为他做了比较客观的评价。
“论明之晓军事者，当以熊廷弼为巨擘。读其《陛辞》一疏，几欲落泪，而以此尽忠为国之人首被刑典，彼其自坏长城、弃祖宗基业而不顾者，尚得谓之有人心、具天良者乎？”
乾隆说这番话自然