中期已成为北方蒙古部落南侵甘肃镇的主要路径之一。
成化十年，巡抚宁夏都御史徐廷章、镇守都督范瑾奏修河东边墙，形成了自黄沙嘴至花马池长达三百八十七里的长城。这道长城为抵御河套地区的蒙古部落南侵起到了重要作用，陕西三边暂时未有蒙古部落大举入侵。
直至弘治十四年，河套地区的蒙古部落由花马池拆墙南侵，抢掠固原、安会等处。河东边墙的毁坏，致使防御河套地区蒙古部落的屏障失守，陕西三边边患告急。
杨一清上任后，立即建议重修河东边墙。但因修边而造成军民困敝，人怨四起，并没有取得很好的修缮效果。第二年，杨一清称疾解官，花马池边墙重修一事也暂时告停。之后，河套地区的蒙古部落仍继续由花马池一带拆墙而入，侵扰固原等地。
至嘉靖元年，北方蒙古部落又毁坏圆山儿墩、石井儿墩等处边墙，侵扰范围南至泾州。此一时期，蒙古部落入河套境的路径基本是由花马池向南侵入，侵扰范围主要是宁夏、固原等地。
嘉靖七年后，贺兰山成为蒙古部落入境的新路径。当年正月十五日，蒙古部落从宁夏镇北关踏冰过黄河，沿贺兰山南行。
此时，位于贺兰山以南的甘肃镇成为危险区，镇守总兵官杭雄等在甘肃镇东部沿边的镇羌堡预备防守。但因杭雄轻敌，蒙古部落大掠庄浪、宁夏。
对此，总制三边尚书王琼称“套虏踏冰过河，由宁夏境贺兰山内入庄、凉始于此”。但其实早在八月，驻扎在偏头关外的蒙古部落，就已从贺兰山后踏冰过河，驻庄浪进行抢掠。
此后，甘肃镇一带多次遭遇蒙古部落入侵。嘉靖八年八月，蒙古部落的阿尔秃厮由宁夏贺兰山入庄浪境，住牧十月，并大肆侵扰红城子。嘉靖九年，为了应对蒙古部落对甘肃镇的侵扰，时任总制陕西三边尚书王琼奏议在贺兰山修筑关墙，并在大沙沟等处增设城堡，派兵驻守。
其实，在贺兰山附近曾有一道边墙：自镇远关山嘴墩至横城，长达一百八十五里，建有三十六座墩台，但处于年久废弃的状态。王琼舍弃宁夏镇北端镇远关的修复，而选择在贺兰山南接黄河处挖建沟堑，使得贺兰山作为新的防御边界。
然而，贺兰山处的壕沟也未能抵御蒙古部落南下，