后世边臣对王琼的做法也颇有微词：“宁夏与山后诸夷为邻，贺兰山其界也，自王琼弃镇远关创为新边，而贺兰山为虏所据，遂使延、宁二镇受患至今。”
此时，贺兰山已然成为要冲，河套地区的蒙古部落的侵犯路线即从贺兰山入境，朝山后的甘肃镇进攻，直达甘肃镇东北一带的庄、凉卫所。这即意味着甘肃镇与延绥、宁夏二镇均成为河套蒙古部落的重点侵略范围，甘肃镇的北部边患危机加剧。
在陕西三边四镇中，延绥、宁夏二镇为北部门户，而甘肃镇则是西部屏障，三者之间互成掎角之势，共同防守陕西镇腹地。
正德前，陕西三边主要的防御对象是北方蒙古部落，因而兵力主要集中延绥、宁夏二镇。然而随着墩台废弃，屯堡内徙，武备废弛，北方蒙古部落更易从宁夏、延绥二镇破边而入，进犯河西。
于是，当延、宁二镇遭遇北方蒙古部落大举入侵时，往往要调集甘肃兵马前来应援。自正德七年开始，甘肃镇西有亦卜剌扰乱熟番，北有小王子追逼渡河，蒙古部落两面相逼，边患孔棘。但此时的亦卜剌仍被视为“河西残寇”，边官对其持轻视态度。
河东常有警，甘肃镇官兵多屯留河东驻守，因而也造成甘肃镇兵少单弱的情况。
由此可知，这一时期地处北边，近逼河套地区的蒙古小王子部落是整个陕西三边四镇的重点防御对象，而占据西海的亦卜剌仍未被视作一方边患。因而以亦卜剌为防御对象的河西军伍数量明显少于以小王子部落为防御对象的河东。
此时的军事防御仍聚焦在河东，但已有边官意识到河西危机的炽热态势。正德十六年，时任巡抚甘肃副都御史许铭上奏提及河西军伍缺乏一事，许铭主张为河西卫所预先储备军伍，即是在意识到河西边患日益严重的情况下所提。嘉靖二年，时任甘肃巡抚的陈九畴再次反馈军伍短缺问题。
此时，朝廷也开始正视河西军伍问题，向甘肃镇拨放内帑，招募兵员。边官也逐渐转变轻视的态度，由此前的“不得倚借邻兵”到主张协同备御，“上命总制、侍郎李钺暂留甘肃，督同镇巡等官，调集兵粮，相机战守。其延、宁二镇游奇兵及甘、凉备御官军悉听调拨，仍令副总兵鲁经并力御寇”。
随着青海地区亦卜剌势力的