祭孔之前，钦天监早已选定吉日，孔府、孔庙、孔林三孔之地皆被精心洒扫，以迎圣驾。太常寺预备了祭品，祭帛与乐器陈列于孔庙堂上。司设监与锦衣卫在孔庙外设立了御幄。高务实入阁多年，以往多次代表皇帝祭孔，不过当时既然是代表皇帝，便是主祭人，这次却换了个身份，做了主赞人。
到了地方，皇帝如前一般身着澜衫，百官却都身着官服或赐服，先行至孔庙门外，分列东西，迎驾并序立等候。衍圣公孔尚贤及曲阜县令孔胤植等率地方官员及士绅，更是早早来到庙门外，东北面跪迎圣驾。
皇帝朱翊钧着澜衫，腰系革带，头戴方巾，不以九五之尊，而以士人之姿乘御辇独走道中。驾至，衍圣公及曲阜县令率众跪迎，皇帝降辇，步入御幄稍作休息。礼部官员奏请皇帝沐浴，准备行礼。其余官员各换祭服。
随后，太常寺官员导引皇帝出御幄，步入孔庙，行至盥洗处，再次洗净双手，以示纯洁之心。在典仪的唱和下，皇帝步入孔庙正殿，随行的国子监祭酒、司业及学官诸生已在庙门外左侧跪迎。皇帝至庙门，祭酒率众学官起立，引导皇帝升御座。鸿胪寺官员赞排班，百官及诸生行五拜叩头礼。
礼毕，祭酒、司业及学官诸生分别就位，准备讲经。祭酒从东阶升堂，北向而立，执事官举经案进于御座前。礼部尚书于慎行奏请皇帝授经于讲官，祭酒跪受，置于讲案上，然后至堂中北向而立。
内赞官员引导皇帝与众官员进入讲堂，祭酒开始讲授儒家经典。讲毕，皇帝与众官员一同聆听，祭酒讲完，将经书放回原处，叩头退出。
重点时刻到来，皇帝亲自至孔子神位前，这是典礼的重中之重。皇帝朱翊钧步至孔子像前，亲手搢圭，主赞官高务实跪进帛，乐声渐起。皇帝立受帛，献毕后，授高务实奠于神位前。
随后，进爵乐起，皇帝立受爵，献毕同样授高务实奠于神位前。乐声止，皇帝出圭，分奠官以次诣神位前奠爵，讫各以次退原拜位。
赞礼官员唱出送神之词，乐声再起，皇帝鞠躬拜兴，拜兴平身。通赞分奠陪祀行礼，同赞礼毕。主赞官高务实导引皇帝由中道出，分奠陪祀官各退，易祭服。皇帝入御幄更衣，礼部尚书于慎行奏请皇帝幸孔林，以示对孔子及其家族之尊重