错误，但错误性质不算严重，给予其反省和退隐的机会。
革职为民：对于涉及程度较重，已无继续为官甚至保留名誉必要的官员，直接革去其官职，贬为平民。这些人已经明显犯了错误，而且错误性质较重，造成了一定的危害，朝廷不再保留其官员身份。
永不叙用：对于涉及程度甚深，且性质极其恶劣的官员，不仅革去其官职，还要将其列入黑名单，永不叙用。这些人的错误性质严重，对朝廷造成了极大的损害，必须给予严厉的惩处。
据统计，此次涉案的七品以上官员共计四十一人，其中被降调西域的有八人，冠带闲住的有十二人，革职为民的有十五人，永不叙用的有六人。
这一处理结果在朝野引起了极大的震动，虽然四十一人说少不少，说多好像也不多，但要知道这仅仅是一次工程弊案，涉及范围也不大，若是往常，处理个人也就差不多了。然而这一次却不是处理几个人，而是把涉案官员一扫而空，轻重缓急分得清清楚楚，可见朝廷的重视程度之重、应对规格之高。
在处理完这些涉案官员后，高务实再次被召入乾清宫中。朱翊钧对他的处理表示了充分肯定，同时也提醒说，离京日久，自己已经收到了不少奏疏催促回京。
高务实原本以为朱翊钧难得出京一回，应该会希望在南京多待一大段时间，甚至趁机去别处游览一番，想不到他居然主动提及回京之事，真是颇为意外。不过高务实毕竟不是佞臣，当即表示圣驾随时可以还京，内阁也会赶紧做出相应安排。
事后高务实悄悄找陈矩了解情况，陈矩似乎有些为难，最后说了几句模棱两可的话。高务实理解的意思是龙体欠安……听陈矩的描述，似乎南京的气候更容易让皇帝痛风复发。
这下破案了，南方确实比北方更容易发生痛风，发作时的痛苦程度也是南方远胜北方。朱翊钧原本就患有痛风症，在北京都不时发作，现在来了南京，那肯定是遭老罪了。
至于陈矩为什么不好明言，这倒简单——皇帝的身体情况属于高度敏感问题，原则上是不能随意泄露的。之所以还能告诉高务实一点，那也是因为高务实身为首辅，不能对皇帝的身体状况一无所知。
随着南京皇宫修缮案的调查和处理逐渐落下